Байгаль орчны яамны дэргэд 1993онд “Дархан газар, байгалийн аялал жуулчлалын улсын алба”-ыг байгуулж хагас аж ахуйн тооцоон дээр ажиллуулж эхэлснээр ТХГН-ийн асуудлыг хариуцсан төрийн захиргааны төв байгууллагын суурь тавигдсан билээ. 1993 оны хавар батлагдсан “Засгийн газрын тухай” хуульд нийцүүлэн Байгаль орчны яамны бүтцийг шинэчлэн батлахад “Дархан газар, байгалийн аялал жуулчлалын улсын алба”-ыг яамны бүтцийн нэгж болгон өөрчлөн байгуулсан бөгөөд энэ бүтцээр 1996 он хүртэл ажилласан юм.Засгийн газрын байгууллагуудын бүтцийн өөрчлөлттэй холбогдуулан ТХГН-ийн асуудал нь байгаль орчны сайдын эрхлэх асуулын хүрээнд ажиллахаар батлагдсан “Засгийн газрын тохируулагч агентлаг-Байгаль орчныг хамгаалах алба”-нд шилжин ирснээр “Дархан газрын товчоо” байгуулагдан тус бүтцэд ажиллах болсон юм.2000 онд “Дархан газрын товчоо “нь Байгаль орчны яамны “ Тусгай хамгаалалттай газар нутгийн хэлтэс” болсон ба 2004 оноос “ Тусгай хамгаалалттай нутгийн удирдлагын газар” болон өргөжжээ.
2009 онд БОАЖЯ-ны ТХНУГ нь дарга А.Намхай , орлогч дарга Х.Баасанхүү, мэргэжилтнүүд нийт 7 хүний бүрэлдхүүнтэй ажиллаж байна.
Тус газарт ТХГН-ийн хамгаалалтын захиргаа - 23, Тахь нутагшуулах эрдэм шинжилгээний төв /ТНЭШТ/ -1 , хамгаалалтын хэсэг -1 тус тус харьяалагддаг ба тэдгээрт нийт 400 гаруй ажилтан ажиллаж байгаагаас хамгаалалтын захиргааны дарга - 24, орлогч дарга - 2, мэдээлэл сурталчилгааны төвийн эрхлэгч - 6, байгаль хамгаалагч - 220, мэргэжилтэн - 67, бусад нь ня-бо, жолооч, сахиул, үйлчлэгч зэрэг үйлчилгээний ажиллагсад байна. Мэргэжилтэн, байгаль хамгаалагч нийт 93 хүн улсын байцаагчийн эрхтэйгээр ажиллаж байна.